员工从工资中被扣除1000元作为辞职费用是否合法

扣除员工工资作为辞职费用通常不合法。依据《劳动法》，单位不得无故克扣工资，除非能证明劳动者辞职造成损失。不及时处理可能导致劳动纠纷，损害员工权益，影响企业声誉。
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不合法。处理方式：1.与单位沟通，要求说明扣款理由并提供依据，不合理则要求退还；2.若沟通无果，向当地劳动监察大队投诉，提供工资条等证据；3.仍无法解决，可申请劳动仲裁，需准备劳动合同、工资证明等材料。
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处理此类问题，常见方式有协商、投诉或仲裁。若单位愿协商退款，则首选协商；若协商无果，员工可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，根据具体情况选择。